山东中医药大学创建于1958年，1978年被确定为全国重点建设的中医院校，1981年成为山东省重点高校，学校在省属高校中拥有国家重点学科最多，首批获得硕士、博士学位授权，首批成为国家“973”项目首席承担单位，硕士点数量位居全国同类院校前列。学校有中医学、中药学、中西医结合、生物医学工程4个博士学位授权一级学科、15个二级学科；9个硕士学位授权一级学科、51个硕士二级学科，有中医博士专业学位授予权和中医、中药、中药、药学、电子信息工程、护理、应用心理、医学技术、针灸硕士专业学位授予权。有中医基础理论、中医医史文献、中医内科学3个国家重点学科，12个“十一五”国家中医药管理局重点学科，17个“十二五”国家中医药管理局重点学科，11个“十二五”山东省重点学科，19个山东省中医药重点学科。2016年我校中医学、中药学确定为山东省一流学科，2020年在山东省高水平大学和高水平学科遴选中，我校入围“强特色”建设高校，中医学学科入选“高峰学科”，中药学、中西医结合入选“优势特色学科”建设行列，2021年9月份，生物医学工程又入选“培育学科”建设行列。在2021年软科中国最好学科排名中，中医学位列第6，中西医结合位列第5。药理学与毒理学、临床医学、生物学与生物化学3个学科跻身ESI全球前1%。2023年，中医基础理论、中医文献学、中医外治学、中药药剂学、海洋中药学，附属医院中医心病学、中医全科医学，山东省眼病防治研究院中医眼科学共8个学科获得国家中医药管理局高水平中医药重点学科建设立项。

学校学科建设紧密围绕国家重大战略需求和中医药振兴发展需要，不断加强顶层设计和战略谋划，以学部制改革为抓手，充分发挥中医药特色和优势，助优扶强扶特，着力提升中医学、中西医结合核心竞争力，强化中药学、针灸等学科特色，突出临床导向和产业导向，不断推进学科交叉融合，构建医药融合、医工理文交叉的学科体系，以高质量学科建设为学校国内一流中医药大学建设提供重要支撑。